La ville est fondée en 1156 par un râja Râjput du clan des Bhatti,
nommé Deorâj et qui prend à l´occasion le nom de Rao Jaisal. Les râja de Jaisalmer portent à sa suite le titre de Râwal ou Mahârâwal. Ils régnèrent jusqu´en 1949, date à laquelle leur état fut intégré à l´état du Rajasthan.
Elle doit son importance historique et sa richesse à son rôle d´étape caravanière sur la route entre l´Inde et la Perse, l´Arabie et l´Occident. L´essor du port de Bombay portera un coup sérieux à sa prospérité que la partition de l´Inde, et la fermeture de la frontière, finira d´achever.
Construite sur une éminence qui surplombe le désert du Thar et permet de le surveiller sur une grande distance, elle est entourée d´un rempart de 5 km comportant 99 bastions et tours d´angle.
Au XIIIe siècle, Jaisalmer est pillée par le sultan de Delhi Alâ ud-Din pour récupérer une caravane dont les Bhatti s’étaient emparée. Elle est cependant reconstruite au siècle suivant.
En 1541, la ville prend les armes contre l´empereur moghol Humâyûn en route pour Ajmer. Cependant les rapports entre ses dirigeants et les Moghols ne furent jamais mauvais, Akbar fut même marié à une princesse de Jaisalmer.
Bien que située au cœur du Thar, la ville a connu une mousson désastreuse en 1993, détruisant partiellement ou complètement quelque 250 bâtiments historiques parmi lesquels le plus ancien palais Râjput existant, le Rani-ka Mahal, ou palais de la Maharani. Elle souffre aussi d´une surexploitation touristique.
Jaisalmer est surnommée la ville dorée. L´état princier dont la cité était la capitale a été intégré à l´Inde en 1949. Les conflits indo-pakistanais de 1965 et 1971 ont révélé l´importance stratégique de la ville et le Rajasthan Canal qui l´approche par le nord y fait reverdir le désert.
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